Конституція Македонії гарантує свободу віросповідання (наприклад, ст. 19), конституційні поправки акцентували рівноправність релігійних організацій і конфесійних спільнот.
За оціночними даними на 2004 року, 67% віруючих – православні, 30% – мусульмани, 3% належать до інших конфесій.
Македонська православна церква в 1958 році оголосила про свою автономію, а в 1967 році проголосила свою незалежність від Сербської православної церкви, але її автокефалія не зізнається іншими православними церквами.