Існують різні класифікації екосистем. Їх розрізняють по:
- географічному положенню – океанські, сухопутні, річкові, гірські;
- розміром – великі, середні, малі;
- джерела енергії – звичайні (продуценти – зелені рослини), нестандартні (продуценти – хемотрофних бактерії, що мешкають у підводних вулканів);
- походженням і багатьом іншим факторам.
За походженням екосистеми традиційно поділяють на:
- Природні. До них відносяться історично склалися формації, в яких круговорот речовини і енергії відбувається з мінімальною участю людини або зовсім без нього.
- Штучні (антропогенні). Це біогеоценози, створені людиною і можуть існувати тільки при його активній участі.
Вони в свою чергу поділяються на:
- Техноекосистеми – їх поява спровоковано промисловою діяльністю. Це можуть бути кар’єрні розробки, сміттєві полігони, ставки-відстійники;
- Агроекосистеми – виникли як результат сільськогосподарської діяльності;
- Урбаноекосистеми – виникають в результаті створення людських поселень.
Природні екосистеми, також, можуть поділятися на:
- Наземні. До них відносяться – тропічні ліси, пустелі трав’янисті і піщані, савани, степи, хвойні і листопадні ліси, тундра і інші.
- Водні. Їх прикладами можуть бути – озеро, річка, болото, пелагические (океанські), естуарние (місце впадання річки, протоку, бухта), рифтові глибоководні.
Створені людиною агроекосистеми складаються з тих же компонентів, що і природні, але мають ряд відмінностей:
- кругообіг в них незамкнений, так як частина речовини і енергії вилучається людиною в вигляді врожаю. Для природних екосистем властива тенденція включати в круговорот максимально можливу кількість енергії;
- короткими харчовими ланцюгами, в зв’язку з керуванням людиною. Зайві види тварин організмів знищуються і видаляються, так само як і небажані рослини;
- невисокою стійкістю, великим ступенем залежності від людини;
- переважанням одного або невеликої кількості видів.
Якщо людина не підтримує штучно існування агроекосистеми, вона повертається до природного стану – повністю або видозмінивши.