Транскрипційна активність фрагментів

Одним з показників функціональної значущості послідовності є її транскрипционному активність. У літературі є дані про транскрипції послідовностей HERV і їх довгих кінцевих повторів в тератокарціномах і деяких інших клітинах зародкового шляху, на відміну від нормальних соматичних тканин.

Нами була вивчена транскрипція трьох фрагментів, що містять HERV-K LTR з YAC-клонів короткого плеча хромосоми 7 людини в клітинах тканини нормальної паренхіми яєчка і пухлинних клітинах цієї ж тканини – семиноми.

Знання унікальних послідовностей, що фланкують HERV-K LTR, дало можливість застосувати метод RT-PCR для аналізу транскрипционной активності досліджуваних фрагментів. Для кожного фрагмента, що містить HERV-K LTR, були використані три пари праймерів: одна-для ампліфікації послідовностей всього HERV-K LTR містить фрагмента, і дві пари для ампліфікації тільки фланкують HERV-K LTR 3- і 5-областей. Матеріалом дослідження (люб’язно наданий Т. Виноградової) служили три проби “перших ланцюгів” ДНК, отриманих шляхом зворотної транскрипції з тРНК, виділених з нормальних клітин паренхіми яєчка і з клітин семиноми одного і того ж пацієнта (зразки 30N і 30S), а також з клітин семиноми іншого пацієнта (зразок 6S).

Транскрипти, які містять HERV-K LTR і прилеглі ділянки, були виявлені у всіх трьох зразках: в клітинах нормальної паренхіми яєчка 30N, семиноми 30S і 6S. Однак в клітинах нормальної тканини на відміну від клітин семиноми присутній додатковий транскрипт меншого розміру. Поява такого транскрипту можна віднести, мабуть, за рахунок сплайсингу, який може бути порушений в пухлинних клітинах.

При визначенні транскрипції фрагментів, що містять HERV-K LTR двох інших клонів YAC22-55 і YAC24-13, були отримані подібні результати. Транскрипти присутні в клітинах нормальної паренхіми яєчка (30N), але не виявлені в клітинах семиноми того ж хворого (30S). Мабуть, в разі семиноми 30S розвиток пухлини призвело до зміни транскрипционной активності даних фрагментів. У клітинах інший семиноми 6S обидві послідовності транскрибируются, так само як і в клітинах нормальної паренхіми яєчка. Мабуть, відсутність експресії досліджених LTR-елементів не є загальним і обов’язковим властивістю Сьоміним. Зміна характеру транскрипції може залежати або від стадії розвитку пухлини, або бути наслідком хромосомних перебудов, які часто супроводжують злоякісному переродженню клітин.

Таким чином, показана різниця в експресії трьох фрагментів, що містять HERV-K LTR короткого плеча хромосоми 7 в нормальних і пухлинних клітинах зародкового шляху. Питання, чи є відсутність транскрипції в клітинах семиноми причиною або наслідком розвитку пухлини, вимагає подальших досліджень. Отримані дані свідчать про те, що в трьох досліджених фрагментах хромосоми 7 ініціація і термінація транскрипції має місце за межами послідовності HERV-K LTR-елемента. Отже, вивчені послідовності одиночних HERV-K LTR не функціонують як промотора або сигналу полі-аденілірованія. У той же час не виключено, що дані HERV-K LTR послідовності можуть служити промотором для освіти антисмислової РНК (наприклад, в разі HERV-K LTR клону YAC24-13, див. Вище), грати роль енхансера або служити ділянкою зв’язування стероїдних гормонів. Значимість LTR в регуляції генів представляє великий інтерес і вимагає подальших досліджень.

...
ПОДІЛИТИСЯ: