Пошук послідовності LTR сімейства

Серед часткової УАС-клонотеки хромосоми людини 7р проведено пошук і локалізація послідовностей довгих кінцевих повторів (LTR) ендогенних ретровірусів сімейства HERV-K (HML-2), а також аналіз їх можливої функціональної значущості.

Відомо, що в геномі людини до 4,5% ДНК становлять послідовності ендогенних ретровірусів. Є дані про участь HERV в регуляції генів, в процесах клітинного диференціювання, імунної відповіді, злоякісного переродження і патології деяких аутоімунних захворювань. Одне з найбільш численних сімейств – HERV-K (HML-2) – представлено в геномі не тільки ретровірус-подібними елементами, але і великою кількістю одиночних кінцевих повторів – LTR. Інтерес до цих послідовностям крім їх еволюційної значимості (Sverdlov, 2000) обумовлений тим, що вони містять набір регуляторних елементів: енхансер, промотор, сигнал поліаденілювання, ділянку зв’язування стероїдних гормонів, – це дозволяє припускати потенційну здатність LTR модулювати активність генів. Дійсно, все більше фактів свідчить про участь LTR в регуляції та експресії розташованих поруч генів.

Для пошуку HERV-K LTR YAC-клони короткого плеча хромосоми 7 гібридизували з HERV-K LTR-зондом і аналізували ПЛР-методом з праймерами, гомологічними 5 – і 3 кінцевим областям HERV-K LTR: ампліфікація ДНК 3 з 76 YAC (22 -19, 22-55, 24-13) давала ПЛР-продукт, розмір якого відповідає повною протяжності одиночного HERV-K LTR (близько 900 пар основ). YAC-клони, що містять ці повнорозмірні HERV-K LTR, локалізували на хромосомі 7 людини методом FISH. Результати локалізації представлені на ідеограмі хромосоми 7.

Дані про поширення копій HERV-K LTR по геному свідчать про те, що деякі хромосоми людини збагачені HERV-K LTR-послідовностями, а інші містять помірну або мале їх число. Вивчення розподілу HERV-K LTR на хромосомах людини 19, 21 і 22 виявило, що на хромосомі 19 локалізовано 72 одиночних повнорозмірних HERV-K LTR в 70 млн пар основ, які розташовані досить рівномірно (Vinogradova et al., 1997), а на близьких за розміром хромосомах 21 і 22 лише 15 і 13 відповідно. Нами локалізовані три повнорозмірних HERV-K LTR в клонотекі, що містить 12 млн пар основ короткого плеча хромосоми 7, що узгоджується з поданням про нерівномірність розподілу LTR в різних хромосомах генома. При цьому розподіл має тенденцію слідувати за щільністю генів.

Ці факти свідчать на користь припущення про переважної інтеграції ендогенних ретровірусів у транскрипційно активні області генома. Транскрипція в клітинах нормальної тканини всіх трьох LTR-містять фрагментів з клонотекі короткого плеча хромосоми 7 також узгоджується з таким поданням.

...
ПОДІЛИТИСЯ: