Нуклеотидна послідовність

Послідовності HERV-K LTR і фланкують їх ділянок ДНК у складі клонів YAC22-19, YAC22-55, YAC24-13 були визначені методом ПЛР-супрессії. На підставі аналізу характерних замін і делецій в послідовності LTR проведена їх класифікація та визначено еволюційний вік. Послідовність HERV-K LTR з клону YAC22-19 депонирована в базу даних GenBank.

Публікація даних чорнового прочитання послідовності генома людини в 2001 р дозволила порівняти послідовності досліджуваних нами HERV-K LTR з базою даних (GenBank) і тим самим підтвердити або уточнити їх локалізацію, а також встановити генетичний контекст даних послідовностей. Розглянуто гени, розташовані на відстані до 100 т.п.н. від HERV-K LTR-послідовності. Протяжність 100 т.п.н. являє собою середній розмір впорядкованих петель хроматину, які, як припускають ряд авторів, є незалежно регульованими функціональними елементами хромосоми. Присутність HERV-K LTR в цій області може, мабуть, впливати на експресію генів.

Для HERV-K LTR-послідовність клону YAC22-19 на хромосомі 7 людини є дві ідентичні послідовності – АС079804 (97%) і АС079882 (98%) (GenBank), які розташовані в 7р22 області хромосоми на відстані 1 млн. Пар основ один від одного в насичених генами ділянках. Ці дані збігаються з нашими результатами по FISH-картування. Копії HERV-K LTR з клону YAC22-19 присутні також на довгому і короткому плечах хромосоми 3, на 8-й і 11-й хромосомах. Гомологія є не тільки в області самого HERV-K LTR елемента, але і в області унікальних фланкують HERV-K LTR-послідовностей.

Гомологичная генетичному контексту HERV-K LTR-елемента з фланкуючими послідовностями ДНК клону YAC 22-19 область хромосоми 3 людини (Зр13) включає кластери OR-генів / псевдогенов – рецепторів нюху (olfactory receptor genes). Показано, що хромосоми 11, 4, 8, а також область 7р22 хромосоми 7 входять в групу хромосом, серед яких полиморфно розподілені кластери OR генів / псевдогенов. Це дозволяє припускати спільне поширення по геному даного HERV-K LTR-елемента і OR-генів відповідно до гіпотезою про міжхромосомні дуплікацій і транслокаціях великих геномних фрагментів. Фрагмент з послідовністю HERV-K LTR клону YAC22-55, має 99% -ву ідентичність з областю АС069279 (GenBank) 7pl2.3 хромосоми 7 людини, розташованої на відстані 49 млн. Пар основ від теломери короткого плеча цієї хромосоми.

YAC22-55 була локалізована методом FISH в області 7р14-7р15.1. Деяка розбіжність даних можна пояснити більш низьким дозволом FISH-методу в проксимальних областях хромосоми. 60 т.п.н. дистальніше розглянутого фрагмента з послідовністю HERV-K LTR розташований ген людини HUS1 – гомолог гена husl дріжджів Schizosaccharomyces pombe. Передбачається, що продукти генів HUS1 і RAD1 є компонентами білкового комплексу, який активується у відповідь на пошкодження ДНК. Послідовність HERV-K LTR клону YAC24-13 ідентична послідовності АС005091, яка розташована на відстані -27,8 млн пар основ від теломери короткого плеча хромосоми 7, що повністю узгоджуються з локалізацією HERV-K LTR в 7р15.2 області методом FISH.

Відповідно до даних GenBank фрагмент ДНК, що містить HERV-K LTR, знаходиться в першому интроне гена TAXJBP1 в орієнтації, протилежного напрямку транскрипції. Білок, який кодується цим геном, є транскрипційним активатором промотора вірусу Т-клітинної лейкемії (HTLV), а також стимулює експресію деяких клітинних генів. Є дані про участь білка TAXIBP1 у апоптозу. Вплив HERV-K LTR-елемента на регуляцію даного гена може відбуватися, в тому числі і на рівні освіти антисмислової РНК.

...
ПОДІЛИТИСЯ: