Мікробний синтез – багатоступінчастий процес отримання будь-якого корисної речовини на основі використання мікроорганізмів, у якому бере участь велика кількість ферментів (молочна та ін. Кислоти, антибіотики, амінокислоти). Відмінністю мікробної трансформації є участь одного ферменту, що каталізує специфічну реакцію (одержання стероїдів, гормонів, окислення глюкози в глюконову кислоту).
Розрізняють також синтез:
– Первинних метаболітів – низькомолекулярні органічні речовини, служать матеріалом для побудови макромолекул або коферментів: амінокислоти, нуклеотиди, вітаміни, органічні кислоти (найбільші обсяги виробництва у світі оцтової та молочної кислоти), спирти;
– Вторинних метаболітів – речовин, що утворюються на пізніх фазах розвитку культури, коли виснажується середу і накопичуються первинні метаболіти: антибіотики, токсини, пігменти. Якщо патогенні мікроорганізми виділяють токсини при житті в зовнішнє середовище -екзотоксіни, якщо токсини утворюються всередині клітини – ендотоксини. Здатність до синтезу пігментів – видова ознака, захист від опромінення (жовті колонії сарцин, рожеві микрококков, червоні колонії утворюють деякі дріжджі, чудесна паличка, синьо-зелені – синьогнійна паличка). По суті, вторинні метаболіти – це речовини, що використовуються клітиною для виживання в несприятливий умовах.