Аналіз полінуклеотидних ланцюгів

У геномі людини з допомогою гібридизації в м’яких умовах виявлено також безліч нуклеотидних послідовностей, що мають часткову гомологію з іншим регуляторним геном HIV-1 – nef. При гібридизації геномних ДНК з зондом, що містить ген nef частина довгого кінцевого повтору (LTR) HIV-1 і частина гена env, були виявлені послідовності, що мають часткову гомологію з HIV-1, які дисперговані в геномах як у людини, так і у миші. Подібну картину спостерігали і при гібридизації з ДНК шимпанзе.

У міру ускладнення умов гібридизації і відмивання фільтрів спостерігали поступове зменшення сигналу на автографах, що свідчило про наявність у різних класів ссавців гетерогенного сімейства геномних послідовностей, що мають часткову гомологію з використаним зондом. Для більш детальної характеристики цих елементів з клонотекі генів хромосоми 19 людини були виділені і охарактеризовані рекомбінантні фаги, що мають часткову гомологію з геном nef. За даними скринінгу і результатами гібридизації в точках загальне число елементів геному людини, що мають часткову гомологію з геном nef становить 103-104.

Блот-гібридизація клонованих рекомбінантних фагів ДНК, що містять фрагменти геномної ДНК людини, з геном nef показала, що в м’яких умовах, як правило, кілька рестрикційних фрагментів кожної фаговой ДНК дають позитивний сигнал. Це вказує на те, що в геномі людини окремі подібні елементи, як і tatf-подібні елементи, зближені між собою. Деякі незалежно клоновані послідовності генома мали схожу картину рестрикції, рестріктная картина інших дещо відрізняється.

Комп’ютерний аналіз двох з клонованих подібних нуклеотидних послідовностей (розміром 399 п.н. (RP399) і 258 п.н. (В258)), проведений за допомогою програми DNA-SUN, показав, що в обох фрагментах є невеликі області гомології з геном HIV -l. Слід зазначити, що часткову гомологію з обома клонованими послідовностями має один і той же ділянку гена nef (з 8832 по 8851 п.н.), розташований відразу за який ініціює AUGкодоном і неперекривающійся з LTR. Фрагмент В258 крім короткої області подібності з геном яе / мав гомологію з А / м-повторами людини. Але найбільший інтерес представляє собою послідовність фрагмента RP399, в якому поряд з короткими ділянками, гомологічними гену nef присутній досить протяжна ділянка (75 п.н.), що має 67% гомології з геном env. Важливо відзначити, що ген env сусідить в геномі HIV-1 з геном nef. Отже, клонований нами фрагмент має схожість не тільки з геном nef, але і з областю генома HIV-1.

Аналіз бази даних EMBL дозволив виявити значну гомологію фрагмента RP399 (66-75%) ще з чотирма секвенований раніше послідовностями: з клонами EHS-1 і EHS-2, виділеними при скринінгу бібліотеки генів людини за допомогою гена env HIV-1, і різними ділянками двох РНК-вірусів (вірусу гепатиту С і ротавірусу людини). Крім того, в RP399 є відкрита рамка зчитування (ORF), здатна кодувати поліпептид розміром не менше 72 амінокислотних залишків. Таким чином, принциповим моментом є виявлення в геномі людини подібної послідовності HIV. Малоймовірно, що такий збіг випадково.

...
ПОДІЛИТИСЯ: